Namnet Jonatan är av hebreiskt ursprung och betyder "Guds gåva" eller "Gud har givit". Det kommer från det hebreiska namnet Yehonathan, som består av Gud (Yah) och verbet "att ge" (nathan). Namnet är bibliskt, där Jonatan var kung Sauls son och Davids nära vän, vilket bidragit till dess utbredning och popularitet i Sverige.
Namnet Jonatan blev särskilt populärt i Sverige under 1990-talet. En bidragande orsak var framgången för Astrid Lindgrens bok och film "Bröderna Lejonhjärta", där en av huvudkaraktärerna heter Jonatan.
